湖羊SPLUNC1基因序列的生物信息学分析(2)

　　2结果与分析
　　2.1湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因基本信息与理化性质分析
　　研究利用ExPaSy蛋白数据库中的ProtParam在线工具对湖羊[WTBX][STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因编码的蛋白质（GenBank登录号：AIG92771.1）进行氨基酸理化性质分析，结果表明，蛋白质分子式为 C1206H2031N305O348S5，原子总数为3 895，蛋白质分子质量为26.53 ku，理论等电点为5.07；不稳定系数为 29.88，说明该蛋白为稳定蛋白；脂肪系数为152.08，总平均亲水性为0.704，说明该蛋白是疏水蛋白。湖羊[WTBX] [STBX]SPLUNC1[WTBZ][STBZ]基因编码的255个氨基酸中含量最高的是Leu、Gly 和Val，各有62个、24个和24个，分别占24.3%、9.4%和9.4%，且不含有Pyl、 Trp和Sec。利用NetNGlyc 1.0 Server预测N-糖基化序列，发现湖羊的SPLUNC1序列中含有2个糖基化序列，分别是：NITA和NLTG。由图1可知，使用亮氨酸拉链公式：Leu-X6-Leu-X6-Leu-X6-Leu （X 指代任意氨基酸残基），在N末端发现了亮氨酸拉链序列。
　　[FK（W6][TPCKL1.tif][FK）]
　　2.2湖羊SPLUNC1蛋白的信号肽、亚细胞定位及跨膜区域分析
　　结合Emanuelsson1等和Paul等的亚细胞定位方法对湖羊的SPLUNC1进行信号肽、亚细胞定位分析[9-10]。使用这2篇文献中提到的在线分析工具进行分析。
　　WoLF PSORT预测运用最邻近结点算法（k-nearest neighbor algorithm，KNN），K值为32，queryProtein details extr：28，E.R.：3 （extr即extracellular细胞外的，E.R.即内质网）。点击网页结果中的”details“查看与湖羊SPLUNC1匹配的32个蛋白中，有28个与细胞外蛋白相似，且评论大部分为分泌蛋白；有3个与内质网有关，1个与溶酶体蛋白相似。
　　TargetP 1.1 Server结果表明湖羊SPLUNC1具有分泌途径，且含有19个氨基酸的信号肽。
　　按照Emanuelsson1等的建议[9]，对TargerP 1.1 Server预测的信号肽使用SignalP-3.0进行再次分析，得出的结果采用neural networks （NN）算法，湖羊SPLUNC1蛋白的信号肽切割位点为第19个氨基酸和第20个氨基酸之间（图2）。
　　[FK（W10][TPCKL2.tif][FK）]
　　利用在线TMPred工具对目标蛋白质进行跨膜区预测，结果为：有2个可能的模型值得考虑，其中一个模型是N末端在内部，有2个大的跨膜螺旋，分别位于1～21位氨基酸（由内到外），47～68位氨基酸（由外到内），总分：2 611；另一种模型是有1个大的跨膜螺旋，位于1～19位氨基酸（由外到内），总分：1 260（图3）。
　　[FK（W10][TPCKL3.tif][FK）]
　　综上所述，湖羊SPLUNC1蛋白含有1个19位氨基酸的信号肽，亚细胞定位于细胞外，有2个大的跨膜螺旋。
　　2.3湖羊SPLUNC1蛋白二级结构预测分析
　　本研究利用SOPMA工具预测该基因编码蛋白质的二级结构，结果显示参与形成螺旋（alpha helix）的氨基酸有135个、占52.94%，参与形成延伸直链（extended strand）的氨基酸有38个，占14.90%，参与形成无规则卷曲（random coil）的氨基酸有69个，占27.06%。二级结构分布见图4。
　　[FK（W9][TPCKL4.tif][FK）]
　　2.4湖羊SPLUNC1蛋白三级结构预测分析

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